"Grouping analysis" su QGIS o GRASS

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"Grouping analysis" su QGIS o GRASS

Maurizio Marchi-2
Buongiorno,
sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una funzione
per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano anche lo
stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al Grouping
Analysis di ArcGIS per intendersi.

http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-statistics/grouping-analysis.htm

http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-statistics/how-grouping-analysis-works.htm

Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di campionamento
quando si vuole implementare​ntare il protocollo "one per stratum sampling"
(o stratificato che dir si voglia).
​Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
<https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVfmhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8AysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9nn8wrnS1n-DHrGibw>
(con
immagine annessa)​ ma le risposte sono state un po criptiche. Credo che non
sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in linguaggio R
rispetto per esempio ad un python...

Idee?
Saluti,
--
Maurizio Marchi
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

Luca Delucchi
2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <[hidden email]>:
> Buongiorno,

Ciao,

> sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una funzione
> per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano anche lo
> stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al Grouping
> Analysis di ArcGIS per intendersi.
>
> http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-statistics/grouping-analysis.htm
>
> http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-statistics/how-grouping-analysis-works.htm
>
> Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di campionamento
> quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum sampling"
> (o stratificato che dir si voglia).
> Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
> <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVfmhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8AysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9nn8wrnS1n-DHrGibw>
> (con
> immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo che non
> sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
> coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in linguaggio R
> rispetto per esempio ad un python...
>
> Idee?

questo puoi aiutare?

https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html

> Saluti,
>

--
ciao
Luca

www.lucadelu.org
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

giohappy
Ciao Maurizio,
non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare quello che
ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di questo tipo:
https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equal-sizes/
Giusto?

giovanni

Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]> ha
scritto:

> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <[hidden email]>:
> > Buongiorno,
>
> Ciao,
>
> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una
> funzione
> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano anche
> lo
> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al Grouping
> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
> >
> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-
> statistics/grouping-analysis.htm
> >
> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-
> statistics/how-grouping-analysis-works.htm
> >
> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di campionamento
> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
> sampling"
> > (o stratificato che dir si voglia).
> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
> > <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_
> R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVfmhi8lRc5hvGhQm
> 3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8AysO0y1XGr8TSwTrfJBf4
> hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9nn8wrnS1n-DHrGibw>
> > (con
> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo che
> non
> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in linguaggio
> R
> > rispetto per esempio ad un python...
> >
> > Idee?
>
> questo puoi aiutare?
>
> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>
> > Saluti,
> >
>
> --
> ciao
> Luca
>
> www.lucadelu.org
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> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le posizioni
> dell'Associazione GFOSS.it.
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

Maurizio Marchi-2
Ciao Giovanni, si esattamente solo che in quella pagina è un po’ complicato
e prima di dedicarmi ci avevo bisogno di capire se esiste già qualcosa :)

On Tue, 7 Nov 2017 at 10:02, G. Allegri <[hidden email]> wrote:

> Ciao Maurizio,
> non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare quello
> che ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di questo
> tipo: https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equal-sizes/
> Giusto?
>
> giovanni
>
> Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]> ha
> scritto:
>
>> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <[hidden email]>:
>> > Buongiorno,
>>
>> Ciao,
>>
>> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una
>> funzione
>> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano anche
>> lo
>> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al Grouping
>> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
>> >
>> >
>> http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-statistics/grouping-analysis.htm
>> >
>> >
>> http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-statistics/how-grouping-analysis-works.htm
>> >
>> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di
>> campionamento
>> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
>> sampling"
>> > (o stratificato che dir si voglia).
>> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
>> > <
>> https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVfmhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8AysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9nn8wrnS1n-DHrGibw
>> >
>> > (con
>> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo che
>> non
>> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
>> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in
>> linguaggio R
>> > rispetto per esempio ad un python...
>> >
>> > Idee?
>>
>> questo puoi aiutare?
>>
>> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>>
>> > Saluti,
>> >
>>
>> --
>> ciao
>> Luca
>>
>> www.lucadelu.org
>>
> _______________________________________________
>> [hidden email]
>> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
>> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
>> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le posizioni
>> dell'Associazione GFOSS.it.
>> 801 iscritti al 19/07/2017
>>
>
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

giohappy
Il problema non è affatto banale, e non sono a conoscenza di sw che lo
faccia. Sei sicuro che gli strumenti di Grouping della Esri lo facciano?

Forse una strada alternativa a quella descritta nel blog potrebbe essere
eseguire un clustering classico (kmeans, DBSCAN, ecc.), disponibile in vari
strumenti (GRASS, PostGIS, ecc.) e alla fine ribilanciare le dimensioni dei
cluster. C'è di studiarci un po'...

Il 7 nov 2017 10:17, "Maurizio Marchi" <[hidden email]> ha
scritto:

> Ciao Giovanni, si esattamente solo che in quella pagina è un po’
> complicato e prima di dedicarmi ci avevo bisogno di capire se esiste già
> qualcosa :)
>
> On Tue, 7 Nov 2017 at 10:02, G. Allegri <[hidden email]> wrote:
>
>> Ciao Maurizio,
>> non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare quello
>> che ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di questo
>> tipo: https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equal-sizes/
>> Giusto?
>>
>> giovanni
>>
>> Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]> ha
>> scritto:
>>
>>> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <[hidden email]>:
>>> > Buongiorno,
>>>
>>> Ciao,
>>>
>>> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una
>>> funzione
>>> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano
>>> anche lo
>>> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al
>>> Grouping
>>> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
>>> >
>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-
>>> statistics/grouping-analysis.htm
>>> >
>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-
>>> statistics/how-grouping-analysis-works.htm
>>> >
>>> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di
>>> campionamento
>>> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
>>> sampling"
>>> > (o stratificato che dir si voglia).
>>> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
>>> > <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_
>>> R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4
>>> OWkN2KAmHYWatJVfmhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.
>>> oGSpM4QO8AysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-
>>> Ghscw9nn8wrnS1n-DHrGibw>
>>> > (con
>>> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo che
>>> non
>>> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
>>> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in
>>> linguaggio R
>>> > rispetto per esempio ad un python...
>>> >
>>> > Idee?
>>>
>>> questo puoi aiutare?
>>>
>>> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>>>
>>> > Saluti,
>>> >
>>>
>>> --
>>> ciao
>>> Luca
>>>
>>> www.lucadelu.org
>>>
>> _______________________________________________
>>> [hidden email]
>>> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
>>> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
>>> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le posizioni
>>> dell'Associazione GFOSS.it.
>>> 801 iscritti al 19/07/2017
>>>
>>
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> Maurizio Marchi
> Skype ID: maurizioxyz
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

giohappy
Pensandoci meglio, forse servirebbe qualcosa come proposto in questa
risposta: https://stackoverflow.com/a/5452702/434850

Domanda: vuoi fissare la dimensione (d) dei cluster, e quindi n/d cluster,
oppure vuoi fissare numero di cluster (k), come nel k-means, e ottenere k
cluster tutti con dimensione n/k?


Il 7 nov 2017 17:46, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:

> Il problema non è affatto banale, e non sono a conoscenza di sw che lo
> faccia. Sei sicuro che gli strumenti di Grouping della Esri lo facciano?
>
> Forse una strada alternativa a quella descritta nel blog potrebbe essere
> eseguire un clustering classico (kmeans, DBSCAN, ecc.), disponibile in vari
> strumenti (GRASS, PostGIS, ecc.) e alla fine ribilanciare le dimensioni dei
> cluster. C'è di studiarci un po'...
>
> Il 7 nov 2017 10:17, "Maurizio Marchi" <[hidden email]> ha
> scritto:
>
>> Ciao Giovanni, si esattamente solo che in quella pagina è un po’
>> complicato e prima di dedicarmi ci avevo bisogno di capire se esiste già
>> qualcosa :)
>>
>> On Tue, 7 Nov 2017 at 10:02, G. Allegri <[hidden email]> wrote:
>>
>>> Ciao Maurizio,
>>> non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare quello
>>> che ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di questo
>>> tipo: https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equal-sizes/
>>> Giusto?
>>>
>>> giovanni
>>>
>>> Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]>
>>> ha scritto:
>>>
>>>> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <[hidden email]>:
>>>> > Buongiorno,
>>>>
>>>> Ciao,
>>>>
>>>> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una
>>>> funzione
>>>> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano
>>>> anche lo
>>>> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al
>>>> Grouping
>>>> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
>>>> >
>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>> istics/grouping-analysis.htm
>>>> >
>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>> istics/how-grouping-analysis-works.htm
>>>> >
>>>> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di
>>>> campionamento
>>>> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
>>>> sampling"
>>>> > (o stratificato che dir si voglia).
>>>> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
>>>> > <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_
>>>> R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVf
>>>> mhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8A
>>>> ysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9n
>>>> n8wrnS1n-DHrGibw>
>>>> > (con
>>>> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo
>>>> che non
>>>> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
>>>> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in
>>>> linguaggio R
>>>> > rispetto per esempio ad un python...
>>>> >
>>>> > Idee?
>>>>
>>>> questo puoi aiutare?
>>>>
>>>> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>>>>
>>>> > Saluti,
>>>> >
>>>>
>>>> --
>>>> ciao
>>>> Luca
>>>>
>>>> www.lucadelu.org
>>>>
>>> _______________________________________________
>>>> [hidden email]
>>>> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
>>>> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
>>>> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le posizioni
>>>> dell'Associazione GFOSS.it.
>>>> 801 iscritti al 19/07/2017
>>>>
>>>
>>> --
>> Maurizio Marchi
>> Skype ID: maurizioxyz
>> linux user 552742
>>
>
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

giohappy
Un ulteriore spunto, usando ELKI:
https://elki-project.github.io/tutorial/same-size_k_means

Buon lavoro,
giovanni

Il 7 nov 2017 18:15, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:

> Pensandoci meglio, forse servirebbe qualcosa come proposto in questa
> risposta: https://stackoverflow.com/a/5452702/434850
>
> Domanda: vuoi fissare la dimensione (d) dei cluster, e quindi n/d cluster,
> oppure vuoi fissare numero di cluster (k), come nel k-means, e ottenere k
> cluster tutti con dimensione n/k?
>
>
> Il 7 nov 2017 17:46, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:
>
>> Il problema non è affatto banale, e non sono a conoscenza di sw che lo
>> faccia. Sei sicuro che gli strumenti di Grouping della Esri lo facciano?
>>
>> Forse una strada alternativa a quella descritta nel blog potrebbe essere
>> eseguire un clustering classico (kmeans, DBSCAN, ecc.), disponibile in vari
>> strumenti (GRASS, PostGIS, ecc.) e alla fine ribilanciare le dimensioni dei
>> cluster. C'è di studiarci un po'...
>>
>> Il 7 nov 2017 10:17, "Maurizio Marchi" <[hidden email]> ha
>> scritto:
>>
>>> Ciao Giovanni, si esattamente solo che in quella pagina è un po’
>>> complicato e prima di dedicarmi ci avevo bisogno di capire se esiste già
>>> qualcosa :)
>>>
>>> On Tue, 7 Nov 2017 at 10:02, G. Allegri <[hidden email]> wrote:
>>>
>>>> Ciao Maurizio,
>>>> non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare quello
>>>> che ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di questo
>>>> tipo: https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equal-sizes/
>>>> Giusto?
>>>>
>>>> giovanni
>>>>
>>>> Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]>
>>>> ha scritto:
>>>>
>>>>> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <[hidden email]
>>>>> >:
>>>>> > Buongiorno,
>>>>>
>>>>> Ciao,
>>>>>
>>>>> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una
>>>>> funzione
>>>>> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano
>>>>> anche lo
>>>>> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al
>>>>> Grouping
>>>>> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
>>>>> >
>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>> istics/grouping-analysis.htm
>>>>> >
>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>> istics/how-grouping-analysis-works.htm
>>>>> >
>>>>> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di
>>>>> campionamento
>>>>> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
>>>>> sampling"
>>>>> > (o stratificato che dir si voglia).
>>>>> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
>>>>> > <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_
>>>>> R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVf
>>>>> mhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8A
>>>>> ysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9n
>>>>> n8wrnS1n-DHrGibw>
>>>>> > (con
>>>>> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo
>>>>> che non
>>>>> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
>>>>> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in
>>>>> linguaggio R
>>>>> > rispetto per esempio ad un python...
>>>>> >
>>>>> > Idee?
>>>>>
>>>>> questo puoi aiutare?
>>>>>
>>>>> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>>>>>
>>>>> > Saluti,
>>>>> >
>>>>>
>>>>> --
>>>>> ciao
>>>>> Luca
>>>>>
>>>>> www.lucadelu.org
>>>>>
>>>> _______________________________________________
>>>>> [hidden email]
>>>>> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
>>>>> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
>>>>> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le
>>>>> posizioni dell'Associazione GFOSS.it.
>>>>> 801 iscritti al 19/07/2017
>>>>>
>>>>
>>>> --
>>> Maurizio Marchi
>>> Skype ID: maurizioxyz
>>> linux user 552742
>>>
>>
_______________________________________________
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

Maurizio Marchi-2
Ciao Giovanni e grazie per le risposte.
Quello che serve a me, in soldoni, è fare dei gruppi di "pixels" (passami
il termine) omogenei in mod do avere la stessa superficie. In ciascuno di
questi clusters poi devo generare un punto casuale che andrò a rilevare in
bosco. In pratica devo fare un campionamento casuale di tipo stratificato
in cui i miei strati non sono oggetti di cui conosco già composizione,
struttura, eccetera ma sono solo unità geografiche di uguale superficie e
che quindi avranno statisticamente tutte lo stesso peso. Si tratta di
metodo che già è implementato nell'ambito degli inventari forestali.
La matrice di distanza geografica purtroppo è rischiosa in quanto la
probabilità di avere celle non aggregate è alta. Diciamo che mi servirebbe
un qualcosa che in base ad una cella scelta mi dice quali sono quelle che
hanno un lato in comune e me le aggreghi in modo iterativo fino a
raggiungere la dimensione richiesta, calcolata appunto come il rapporto tra
il numero di celle totali e il numero di gruppi che voglio fare.

2017-11-08 0:36 GMT+01:00 G. Allegri <[hidden email]>:

> Un ulteriore spunto, usando ELKI: https://elki-project.
> github.io/tutorial/same-size_k_means
>
> Buon lavoro,
> giovanni
>
> Il 7 nov 2017 18:15, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:
>
>> Pensandoci meglio, forse servirebbe qualcosa come proposto in questa
>> risposta: https://stackoverflow.com/a/5452702/434850
>>
>> Domanda: vuoi fissare la dimensione (d) dei cluster, e quindi n/d
>> cluster, oppure vuoi fissare numero di cluster (k), come nel k-means, e
>> ottenere k cluster tutti con dimensione n/k?
>>
>>
>> Il 7 nov 2017 17:46, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:
>>
>>> Il problema non è affatto banale, e non sono a conoscenza di sw che lo
>>> faccia. Sei sicuro che gli strumenti di Grouping della Esri lo facciano?
>>>
>>> Forse una strada alternativa a quella descritta nel blog potrebbe essere
>>> eseguire un clustering classico (kmeans, DBSCAN, ecc.), disponibile in vari
>>> strumenti (GRASS, PostGIS, ecc.) e alla fine ribilanciare le dimensioni dei
>>> cluster. C'è di studiarci un po'...
>>>
>>> Il 7 nov 2017 10:17, "Maurizio Marchi" <[hidden email]> ha
>>> scritto:
>>>
>>>> Ciao Giovanni, si esattamente solo che in quella pagina è un po’
>>>> complicato e prima di dedicarmi ci avevo bisogno di capire se esiste già
>>>> qualcosa :)
>>>>
>>>> On Tue, 7 Nov 2017 at 10:02, G. Allegri <[hidden email]> wrote:
>>>>
>>>>> Ciao Maurizio,
>>>>> non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare
>>>>> quello che ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di
>>>>> questo tipo: https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equ
>>>>> al-sizes/
>>>>> Giusto?
>>>>>
>>>>> giovanni
>>>>>
>>>>> Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]>
>>>>> ha scritto:
>>>>>
>>>>>> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <[hidden email]
>>>>>> >:
>>>>>> > Buongiorno,
>>>>>>
>>>>>> Ciao,
>>>>>>
>>>>>> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una
>>>>>> funzione
>>>>>> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano
>>>>>> anche lo
>>>>>> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al
>>>>>> Grouping
>>>>>> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
>>>>>> >
>>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>>> istics/grouping-analysis.htm
>>>>>> >
>>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>>> istics/how-grouping-analysis-works.htm
>>>>>> >
>>>>>> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di
>>>>>> campionamento
>>>>>> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
>>>>>> sampling"
>>>>>> > (o stratificato che dir si voglia).
>>>>>> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
>>>>>> > <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_
>>>>>> R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVf
>>>>>> mhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8A
>>>>>> ysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9n
>>>>>> n8wrnS1n-DHrGibw>
>>>>>> > (con
>>>>>> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo
>>>>>> che non
>>>>>> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza ma
>>>>>> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in
>>>>>> linguaggio R
>>>>>> > rispetto per esempio ad un python...
>>>>>> >
>>>>>> > Idee?
>>>>>>
>>>>>> questo puoi aiutare?
>>>>>>
>>>>>> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>>>>>>
>>>>>> > Saluti,
>>>>>> >
>>>>>>
>>>>>> --
>>>>>> ciao
>>>>>> Luca
>>>>>>
>>>>>> www.lucadelu.org
>>>>>>
>>>>> _______________________________________________
>>>>>> [hidden email]
>>>>>> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
>>>>>> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
>>>>>> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le
>>>>>> posizioni dell'Associazione GFOSS.it.
>>>>>> 801 iscritti al 19/07/2017
>>>>>>
>>>>>
>>>>> --
>>>> Maurizio Marchi
>>>> Skype ID: maurizioxyz
>>>> linux user 552742
>>>>
>>>


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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

giohappy
Ah, ok, allora non è tanto una questione di clustering quanto di
tassellamento di una superficie.
Tanto per essere chiari, idealmente tu vorresti:

1 - generare N punti casuali all'interno della tua superficie
2 - partendo dagli N centroidi casuali calcolare gli N poligoni (cluster di
celle) di uguale area che coprano completamente la tua superficie. giusto?

giusto?

giovanni

Il giorno 8 novembre 2017 10:15, Maurizio Marchi <[hidden email]
> ha scritto:

> Ciao Giovanni e grazie per le risposte.
> Quello che serve a me, in soldoni, è fare dei gruppi di "pixels" (passami
> il termine) omogenei in mod do avere la stessa superficie. In ciascuno di
> questi clusters poi devo generare un punto casuale che andrò a rilevare in
> bosco. In pratica devo fare un campionamento casuale di tipo stratificato
> in cui i miei strati non sono oggetti di cui conosco già composizione,
> struttura, eccetera ma sono solo unità geografiche di uguale superficie e
> che quindi avranno statisticamente tutte lo stesso peso. Si tratta di
> metodo che già è implementato nell'ambito degli inventari forestali.
> La matrice di distanza geografica purtroppo è rischiosa in quanto la
> probabilità di avere celle non aggregate è alta. Diciamo che mi servirebbe
> un qualcosa che in base ad una cella scelta mi dice quali sono quelle che
> hanno un lato in comune e me le aggreghi in modo iterativo fino a
> raggiungere la dimensione richiesta, calcolata appunto come il rapporto tra
> il numero di celle totali e il numero di gruppi che voglio fare.
>
> 2017-11-08 0:36 GMT+01:00 G. Allegri <[hidden email]>:
>
>> Un ulteriore spunto, usando ELKI: https://elki-project.git
>> hub.io/tutorial/same-size_k_means
>>
>> Buon lavoro,
>> giovanni
>>
>> Il 7 nov 2017 18:15, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:
>>
>>> Pensandoci meglio, forse servirebbe qualcosa come proposto in questa
>>> risposta: https://stackoverflow.com/a/5452702/434850
>>>
>>> Domanda: vuoi fissare la dimensione (d) dei cluster, e quindi n/d
>>> cluster, oppure vuoi fissare numero di cluster (k), come nel k-means, e
>>> ottenere k cluster tutti con dimensione n/k?
>>>
>>>
>>> Il 7 nov 2017 17:46, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:
>>>
>>>> Il problema non è affatto banale, e non sono a conoscenza di sw che lo
>>>> faccia. Sei sicuro che gli strumenti di Grouping della Esri lo facciano?
>>>>
>>>> Forse una strada alternativa a quella descritta nel blog potrebbe
>>>> essere eseguire un clustering classico (kmeans, DBSCAN, ecc.), disponibile
>>>> in vari strumenti (GRASS, PostGIS, ecc.) e alla fine ribilanciare le
>>>> dimensioni dei cluster. C'è di studiarci un po'...
>>>>
>>>> Il 7 nov 2017 10:17, "Maurizio Marchi" <[hidden email]> ha
>>>> scritto:
>>>>
>>>>> Ciao Giovanni, si esattamente solo che in quella pagina è un po’
>>>>> complicato e prima di dedicarmi ci avevo bisogno di capire se esiste già
>>>>> qualcosa :)
>>>>>
>>>>> On Tue, 7 Nov 2017 at 10:02, G. Allegri <[hidden email]> wrote:
>>>>>
>>>>>> Ciao Maurizio,
>>>>>> non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare
>>>>>> quello che ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di
>>>>>> questo tipo: https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equ
>>>>>> al-sizes/
>>>>>> Giusto?
>>>>>>
>>>>>> giovanni
>>>>>>
>>>>>> Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]>
>>>>>> ha scritto:
>>>>>>
>>>>>>> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <
>>>>>>> [hidden email]>:
>>>>>>> > Buongiorno,
>>>>>>>
>>>>>>> Ciao,
>>>>>>>
>>>>>>> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno una
>>>>>>> funzione
>>>>>>> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano
>>>>>>> anche lo
>>>>>>> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al
>>>>>>> Grouping
>>>>>>> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
>>>>>>> >
>>>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>>>> istics/grouping-analysis.htm
>>>>>>> >
>>>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>>>> istics/how-grouping-analysis-works.htm
>>>>>>> >
>>>>>>> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di
>>>>>>> campionamento
>>>>>>> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
>>>>>>> sampling"
>>>>>>> > (o stratificato che dir si voglia).
>>>>>>> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
>>>>>>> > <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_
>>>>>>> R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVf
>>>>>>> mhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8A
>>>>>>> ysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9n
>>>>>>> n8wrnS1n-DHrGibw>
>>>>>>> > (con
>>>>>>> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche. Credo
>>>>>>> che non
>>>>>>> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza
>>>>>>> ma
>>>>>>> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in
>>>>>>> linguaggio R
>>>>>>> > rispetto per esempio ad un python...
>>>>>>> >
>>>>>>> > Idee?
>>>>>>>
>>>>>>> questo puoi aiutare?
>>>>>>>
>>>>>>> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>>>>>>>
>>>>>>> > Saluti,
>>>>>>> >
>>>>>>>
>>>>>>> --
>>>>>>> ciao
>>>>>>> Luca
>>>>>>>
>>>>>>> www.lucadelu.org
>>>>>>>
>>>>>> _______________________________________________
>>>>>>> [hidden email]
>>>>>>> http://lists.gfoss.it/cgi-bin/mailman/listinfo/gfoss
>>>>>>> Questa e' una lista di discussione pubblica aperta a tutti.
>>>>>>> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le
>>>>>>> posizioni dell'Associazione GFOSS.it.
>>>>>>> 801 iscritti al 19/07/2017
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>>>>>>
>>>>>> --
>>>>> Maurizio Marchi
>>>>> Skype ID: maurizioxyz
>>>>> linux user 552742
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>
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> Maurizio Marchi
> Skype ID: maurizioxyz
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>
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

giohappy
Forse la cosa più vicina che puoi usare, di esistente, è il seguente
algoritmo, che puoi caricare nella MiniGUI di ELKI:
https://github.com/elki-project/elki/blob/master/addons/tutorial/src/main/java/tutorial/clustering/SameSizeKMeansAlgorithm.java

Per i punti dovresti generare i centroidi delle tue celle e poi completare
l'elaborazione come preferisci, a valle dell'algoritmo.

La poni come una cosa semplice. Anche se intuitivamente lo sembra, in
realtà non lo è, perché si tratta di un problema di ottimizzazione NP-hard,
e come tutti questi problemi si cerca di trovare una soluzione che sia il
più possibile ottimale... ma non ce n'è una sola, e più d'una può essere
ottimale :)

giovanni

Il giorno 8 novembre 2017 10:48, G. Allegri <[hidden email]> ha scritto:

> Ah, ok, allora non è tanto una questione di clustering quanto di
> tassellamento di una superficie.
> Tanto per essere chiari, idealmente tu vorresti:
>
> 1 - generare N punti casuali all'interno della tua superficie
> 2 - partendo dagli N centroidi casuali calcolare gli N poligoni (cluster
> di celle) di uguale area che coprano completamente la tua superficie.
> giusto?
>
> giusto?
>
> giovanni
>
> Il giorno 8 novembre 2017 10:15, Maurizio Marchi <
> [hidden email]> ha scritto:
>
>> Ciao Giovanni e grazie per le risposte.
>> Quello che serve a me, in soldoni, è fare dei gruppi di "pixels" (passami
>> il termine) omogenei in mod do avere la stessa superficie. In ciascuno di
>> questi clusters poi devo generare un punto casuale che andrò a rilevare in
>> bosco. In pratica devo fare un campionamento casuale di tipo stratificato
>> in cui i miei strati non sono oggetti di cui conosco già composizione,
>> struttura, eccetera ma sono solo unità geografiche di uguale superficie e
>> che quindi avranno statisticamente tutte lo stesso peso. Si tratta di
>> metodo che già è implementato nell'ambito degli inventari forestali.
>> La matrice di distanza geografica purtroppo è rischiosa in quanto la
>> probabilità di avere celle non aggregate è alta. Diciamo che mi servirebbe
>> un qualcosa che in base ad una cella scelta mi dice quali sono quelle che
>> hanno un lato in comune e me le aggreghi in modo iterativo fino a
>> raggiungere la dimensione richiesta, calcolata appunto come il rapporto tra
>> il numero di celle totali e il numero di gruppi che voglio fare.
>>
>> 2017-11-08 0:36 GMT+01:00 G. Allegri <[hidden email]>:
>>
>>> Un ulteriore spunto, usando ELKI: https://elki-project.git
>>> hub.io/tutorial/same-size_k_means
>>>
>>> Buon lavoro,
>>> giovanni
>>>
>>> Il 7 nov 2017 18:15, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:
>>>
>>>> Pensandoci meglio, forse servirebbe qualcosa come proposto in questa
>>>> risposta: https://stackoverflow.com/a/5452702/434850
>>>>
>>>> Domanda: vuoi fissare la dimensione (d) dei cluster, e quindi n/d
>>>> cluster, oppure vuoi fissare numero di cluster (k), come nel k-means, e
>>>> ottenere k cluster tutti con dimensione n/k?
>>>>
>>>>
>>>> Il 7 nov 2017 17:46, "G. Allegri" <[hidden email]> ha scritto:
>>>>
>>>>> Il problema non è affatto banale, e non sono a conoscenza di sw che lo
>>>>> faccia. Sei sicuro che gli strumenti di Grouping della Esri lo facciano?
>>>>>
>>>>> Forse una strada alternativa a quella descritta nel blog potrebbe
>>>>> essere eseguire un clustering classico (kmeans, DBSCAN, ecc.), disponibile
>>>>> in vari strumenti (GRASS, PostGIS, ecc.) e alla fine ribilanciare le
>>>>> dimensioni dei cluster. C'è di studiarci un po'...
>>>>>
>>>>> Il 7 nov 2017 10:17, "Maurizio Marchi" <[hidden email]>
>>>>> ha scritto:
>>>>>
>>>>>> Ciao Giovanni, si esattamente solo che in quella pagina è un po’
>>>>>> complicato e prima di dedicarmi ci avevo bisogno di capire se esiste già
>>>>>> qualcosa :)
>>>>>>
>>>>>> On Tue, 7 Nov 2017 at 10:02, G. Allegri <[hidden email]> wrote:
>>>>>>
>>>>>>> Ciao Maurizio,
>>>>>>> non sono a conoscenza di plugin o moduli pronti all'uso per fare
>>>>>>> quello che ti serve. Se non ho capito male tu hai bisogno di qualcosa di
>>>>>>> questo tipo: https://www.r-bloggers.com/spatial-clustering-with-equ
>>>>>>> al-sizes/
>>>>>>> Giusto?
>>>>>>>
>>>>>>> giovanni
>>>>>>>
>>>>>>> Il giorno 7 novembre 2017 09:00, Luca Delucchi <[hidden email]
>>>>>>> > ha scritto:
>>>>>>>
>>>>>>>> 2017-11-03 9:59 GMT+01:00 Maurizio Marchi <
>>>>>>>> [hidden email]>:
>>>>>>>> > Buongiorno,
>>>>>>>>
>>>>>>>> Ciao,
>>>>>>>>
>>>>>>>> > sto cercando di capire se QGIS o GRASS abbiano al loro interno
>>>>>>>> una funzione
>>>>>>>> > per creare clusters di oggetti aggregati spazialmente che abbiano
>>>>>>>> anche lo
>>>>>>>> > stesso numero di oggetti (esempio celle). Qualcosa di simile al
>>>>>>>> Grouping
>>>>>>>> > Analysis di ArcGIS per intendersi.
>>>>>>>> >
>>>>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>>>>> istics/grouping-analysis.htm
>>>>>>>> >
>>>>>>>> > http://pro.arcgis.com/en/pro-app/tool-reference/spatial-stat
>>>>>>>> istics/how-grouping-analysis-works.htm
>>>>>>>> >
>>>>>>>> > Nel mio caso la funzione sarebbe piuttosto utile in fase di
>>>>>>>> campionamento
>>>>>>>> > quando si vuole implementarentare il protocollo "one per stratum
>>>>>>>> sampling"
>>>>>>>> > (o stratificato che dir si voglia).
>>>>>>>> > Ho posto la stessa domanda su Researchgate qui
>>>>>>>> > <https://www.researchgate.net/post/Equal_size_clusters_with_
>>>>>>>> R_or_QGIS?_sg=q6WUuAVlVQ8I4eCj88yFV41KQinJA4OWkN2KAmHYWatJVf
>>>>>>>> mhi8lRc5hvGhQm3Mk8yrMmkYAf2J7m8YQOzTSDGF9jAfSxD-A.oGSpM4QO8A
>>>>>>>> ysO0y1XGr8TSwTrfJBf4hYsJaWU17b5ai-xQZSjLNW1fhQ7DjHxv-Ghscw9n
>>>>>>>> n8wrnS1n-DHrGibw>
>>>>>>>> > (con
>>>>>>>> > immagine annessa) ma le risposte sono state un po criptiche.
>>>>>>>> Credo che non
>>>>>>>> > sia una cosa complicatissima, alla fine è una matrice di distanza
>>>>>>>> ma
>>>>>>>> > coputazionamente credo che sia abbastanza onerosa se fatta in
>>>>>>>> linguaggio R
>>>>>>>> > rispetto per esempio ad un python...
>>>>>>>> >
>>>>>>>> > Idee?
>>>>>>>>
>>>>>>>> questo puoi aiutare?
>>>>>>>>
>>>>>>>> https://grass.osgeo.org/grass72/manuals/v.cluster.html
>>>>>>>>
>>>>>>>> > Saluti,
>>>>>>>> >
>>>>>>>>
>>>>>>>> --
>>>>>>>> ciao
>>>>>>>> Luca
>>>>>>>>
>>>>>>>> www.lucadelu.org
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>>>>>>>> [hidden email]
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>>>>>>>> I messaggi di questa lista non hanno relazione diretta con le
>>>>>>>> posizioni dell'Associazione GFOSS.it.
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>> Skype ID: maurizioxyz
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

Maurizio Marchi-2
In reply to this post by giohappy
Ehm, non esattamente, più l'inverso della procedura, forse mi sono spiegato
male io.
faccio un esempio: a partire da un layer di poligoni composto da 1000 celle
quadrate voglio:
1) creare 20 gruppi di 50 celle ciascuno che siano spazialmente continui
2) generare 20 punti casuali di campionamento, uno per ogni cluster.

Comunque sto provando con la funzione gTouches della libreria rgeos di R,
vediamo cosa viene fuori

2017-11-08 10:48 GMT+01:00 G. Allegri <[hidden email]>:

> Ah, ok, allora non è tanto una questione di clustering quanto di
> tassellamento di una superficie.
> Tanto per essere chiari, idealmente tu vorresti:
>
> 1 - generare N punti casuali all'interno della tua superficie
> 2 - partendo dagli N centroidi casuali calcolare gli N poligoni (cluster
> di celle) di uguale area che coprano completamente la tua superficie.
> giusto?
>
> giusto?
>
> giovanni
>
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Re: "Grouping analysis" su QGIS o GRASS

giohappy
E' un approccio diverso, ma il concetto è lo stesso.
Per raggruppare le celle da dove cominci? Dovrai avere dei seed, no? Come
li definisci i punti da cui cominci ad aggregare le celle?

Anche usando un approccio di aggregazione (growing) devi gestire le celle
in cui i gruppi cominceranno a convergere, e scambiare celle tra i gruppi
fino ad ottenere una dimensione costente e uguale.

La cosa diventerebbe banale se tu non volessi avere cluster "random". In
tal caso basta partizionare la superficie con una griglia e  poco più...

Il giorno 8 novembre 2017 12:52, Maurizio Marchi <[hidden email]
> ha scritto:

> Ehm, non esattamente, più l'inverso della procedura, forse mi sono
> spiegato male io.
> faccio un esempio: a partire da un layer di poligoni composto da 1000
> celle quadrate voglio:
> 1) creare 20 gruppi di 50 celle ciascuno che siano spazialmente continui
> 2) generare 20 punti casuali di campionamento, uno per ogni cluster.
>
> Comunque sto provando con la funzione gTouches della libreria rgeos di R,
> vediamo cosa viene fuori
>
> 2017-11-08 10:48 GMT+01:00 G. Allegri <[hidden email]>:
>
>> Ah, ok, allora non è tanto una questione di clustering quanto di
>> tassellamento di una superficie.
>> Tanto per essere chiari, idealmente tu vorresti:
>>
>> 1 - generare N punti casuali all'interno della tua superficie
>> 2 - partendo dagli N centroidi casuali calcolare gli N poligoni (cluster
>> di celle) di uguale area che coprano completamente la tua superficie.
>> giusto?
>>
>> giusto?
>>
>> giovanni
>>
>
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